Las salas temporales constituyen los ambientes donde se presentan exhibiciones de carácter renovable. Ellas constituyen la sección más dinámica en cuanto al desarrollo museográfico de Puruchuco. Estas áreas fueron inauguradas a inicios del año 1999 y una de sus funciones más importantes es la destinada a mantener una actividad cultural diversa y nutrida en el Museo, brindando un espacio no sólo destinado a resaltar el legado ancestral para el cual fue concebido originalmente, sino también a diversificar su propuesta museográfica, presentando en ella las diversas manifestaciones culturales, de cualquier época, de un país tan diverso como el Perú.
Como parte de las muestras temporales programadas para el presente años tenemos:
