Cronología
Resulta claro, a partir de la nutrida evidencia cultural como textiles (p.e. unkus, quipus, etc.), cerámica (v.g. keros, conopas, etc.) y demás objetos hallados en el monumento, que la ocupación principal de Puruchuco corresponde al período Inca. La arquitectura, si bien de manera sutil, también deja entrever esta clara influencia. El arreglo o diseño arquitectónico en su conjunto se encuentra inscrito en una cercadura o canchón de planta rectangular, asimismo el desarrollo de las estructuras al interior es fundamentalmente horizontal, es decir no existe un volumen artificial (p.e. piramidal) que resalte con relación al resto de la arquitectura. Ambas características son típicas de la arquitectura Inca y no se conocen antecedentes locales de la misma que nos puedan llevar a confusión. Adicionalmente, algunos atributos decorativos en los acabados arquitectónicos, como las portadas o vanos de doble jamba y los nichos triangulares no hacen más que confirmar esta apreciación.

Sin embargo es posible apreciar en Puruchuco claras muestras de la incorporación de componentes arquitectónicos locales en su configuración: la asociación de la terraza principal frente a un amplio patio al cual corresponde un acceso restringido desde el exterior, definen con certeza, arreglos de tradición local. Asimismo la disposición de las áreas residenciales como de servicios obvian tanto el recinto de forma rectangular como su asociación al patio o cancha, típico inca. La ausencia de astiales en los cuartos es otra carencia significativa, ya que si bien se pensaría que en esta parte de la costa son innecesarios en virtud a la ausencia de lluvias, se ha documentado la existencia de los mismo en sitios incas muy próximos en la propia cuenca del río Rímac. En suma, se puede afirmar que el palacio articula de manera armoniosa atributos arquitectónicos locales y foráneos (de influencia inca), definiendo en su trazo un sitio de características sincréticas.

Todo esto, sumado al hallazgo de los diversos objetos de origen o inspiración cuzqueña asociada a la arquitectura del sitio, dejan pocas dudas con respecto a la filiación Inca de este monumento.